در سال هزار و سيصدو شصت و هفت به منظور انجام تحقيقات و مطالعات كاربردي در وزارت راه و ترابري دفتري ايجاد گرديد. اين دفتر در سال 1372 به مركز تحقيقات و مطالعات ارتقا يافت.

در سال 1376 مركز تحقيقات و مطالعات با ادغام در مركز آموزش ابتدا به نام مركز تحقيقات و آموزش و سپس تحت عنوان معاونت آموزش، تحقيقات و فناوري، عهده دار انجام وظايف مطالعاتي و تحقيقاتي و همچنين ساماندهي آموزش كاركنان وزارتخانه گرديد. بدنبال افزايش كمي و كيفي فعاليتهاي پژوهشي و مطالعاتي در شقوق مختلف حمل و نقل اعم از هوايي، زميني، دريايي و ريلي و لزوم بسترسازي مناسب و برنامه‌ريزيهاي درازمدت جهت استفاده بهينه از اين فعاليتها، پيشنهاد تأسيس پژوهشكده حمل و نقل مطرح و پس از تدوين اساسنامه و تأييد وزارت علوم، تحقيقات و فناوري اين امر به انجام رسيد و با جذب اعضاي هيأت علمي متخصص و كارآمد، پژوهشكده حمل و نقل از سال 1382 فعاليت خود را رسماً آغاز نمود.

پژوهشكده حمل و نقل زير نظر هيأتي متشكل از وزير راه و ترابري، وزير علوم تحقيقات و فناوري يا نماينده وي، رئيس سازمان مديريت و برنامه ريزي يا نماينده وي، رئيس پژوهشكده حمل و نقل و چند تن از شخصيتهاي علمي و فرهنگي كه هيأت امناء ناميده مي‌شوند، انجام وظيفه مي‌نمايند و داراي دو معاونت پژوهشي و اجرايي است. شوراي پژوهش مهمترين ركن پژوهشكده مي‌باشد كه به منظور تعيين خط مشي و سياستگزاريهاي پژوهشي به رياست رئيس پژوهشكده تشكيل جلسه ميدهد.

مديريت طرح و برنامه و مديريت توسعه همكاريهاي علمي به طور مستقيم زير نظر رياست پژوهشكده انجام وظيفه مي‌نمايند.

معاونت پژوهشي وظيفه هماهنگي و نظارت بر اجراي برنامه‌هاي تحقيقاتي را دارد و داراي 8 گروه پژوهشي مي‌باشد. مديريت اطلاعات و ارتباطات و مديريت امور پژوهشي مستقيماً زير نظر معاون پژوهشي انجام وظيفه مي‌نمايند.

معاونت اجرايي وظيفه تهيه و تدوين خط مشي‌هاي اجرايي در زمينه‌هاي امور اداري، مالي، نيروي انساني و پشتيباني و مسئوليتت نظارت و هدايت بر روند امور مذكور را دارد.

معاونت اجرايي داراي 4 زير مجموعه اداره امور مالي، اداره انتشارات، اداره امور منابع انساني و اداره خدمات اداري و پشتيباني مي‌باشد.